Historie chrámu - 16. a 17. století
k poškozování soch a obrazů došlo opět v roce 1521. Roku 1542 byla za bouře shozena část krovu kostela, zbytek stržen 1562. v roce 1543 mniši klášter opustili. Převor, který jediný zůstal, marně žádal o přispění na opravy a v roce 1561 oznamoval prostřednictvím kapituly svatovítské císaři: „.. .klášter Matky Boží Sněžné, na ten čas pobořený, dost je nebezpečný... nebude-li spěšného opatření a opravení...". Od roku 1579 arcibiskupem stanoveni komendátní převoři z řad proboštů zderazských, kteří spravovali postranní právo kláštera pro případ návratu karmelitánů. 
Konečné zboření a zpustošení kláštera se uvádí k roku 1593, kostel bez střechy a klenutí (viz prospekt J. Sadelera, 1606) užíván jako smetiště. Jedinou používanou svatyní zůstala kaple Neposkvrněného početí Panny Marie na jižním boku kostela (později zasvěcena sv. Michaelovi).
V roce 1603 postoupil císař Rudolf II. klášter františkánům, kteří v roce 1604 začali s opravnými pracemi. Jménem císaře položil zákl. kámen ke kostelu Zdeněk Popel z Lobkovic. Františkáni opravili chór, který snížili, nově zaklenuli a uzavřeli západní zdí s rozetou, před zeď vestavěli mezi zbytky gotických věží patrovou kruchtu.
Dne 4. 5. 1625 byl konsekrován kardinálem Arnoštem Harrachem ke cti P. M. Sněžné. Další opravy byly asi přerušeny třicetiletou válkou, protože západní portál je datován 1648. Roku 1637 bylo započato s přestavbou jižní kaple P. Marie Pomocné, roku 1638 pořízen nový hlavní oltář, v druhé polovině 17. století byla upravena sakristie, překlenutá ještě v roce 1711. v roce 1672 dokončena kaple Hory Kalvárie před kostelem, zbořená 1697 a nahrazená kaplí Loretánskou, zasvěcenou P. Marii. Kolem ní byl po obvodu upraven otevřený trojkřídlý ambit s nikami pro sochy. Roku 1683 se zřítily velká i malá zvonice, což podnítilo stavbu nové věže mezi dvěma jihozápadními opěrnými pilíři.
Text z knihy "Umělecké památky Prahy - Nové Město"
vydané nakladatelstvím Academia, 1998