Внутренность церкви
К зрелому барокко первой половины 18 века относятся две пары противолежащих богато украшенных алтарей по сторонам нефа. В пресбитерии - это периода около 1730 года алтари св. Екатерины и св. Франциска с пластиками той же датировки. Главную, более позднюю. картину «Стигматизация св. Франциска» обрамляют белые скульптуры францисканских святых: св. Яна Капистрана, Людвика, Бонавентуры и Бернардина. В надставке находится картина с изображением благочестивой Марии Электы, написанная еще в кармелитский период монастыря. Алтарь св. Екатерины датируется 1727 годом, а автором главной картины, изображающей эту святую, считается Й.Нейгертц. Скульптуры созданы в то же время.
Далее, налево расположена противолежащая пара алтарей: алтарь «Благовещение» и алтарь св. Креста. На севрной стороне находящийся алтарь «Благовещение Деве Марии» обрамлен парами фигур св. Иоахима и Анны и Захария и Елизаветы. Главная алтарная картина «Благовещение» написана в 1724 году В.В. Рейнером. Эта картина относится к зрелым произведениям В.В.Рейнера, созданным в период вершины его творчества. В надставке находится еще одна картина В. В. Рейнера: «Сон св. Иосифа».
На противоположном, подобно решенном алтаре св. Креста, в центре ниши расположена скульптура Распятого с фигурами Девы Марии и Яна Евангелисты по сторонам. На внешней стороне мы видим фигуры патриархов Моисея и Авраама.
Между алтарем св. Франциска и св. Креста, на южной стороне размещена кафедра, созданная одновременно с алтарями и украшенная рельефами, изображением францисканских миссий и фигурой Христа. Вправо от алтаря св. Креста мы найдем на стене картину с изображением основателя церкви Карла IV – ценное произведение, возникшее в половине 19 века.
На северной стене церкви, налево от алтаря «Благовещение», в коробчатой раме 18 века висит полукруглая вотивная картина «Дева Мария со св. Иоахимом» (св. Иоахим учит Деву Марию). Это позднеренессансное произведение первой половины 17 века с чертами маньеризма. Ближе к алтарю находится застекленная картина меньших размеров «Дева Мария ожидает младенца» (так наз. Карловская). Вероятно того же периода. Направо от алтаря на стене висит раннебарочная картина «Оплакивание», относящаяся ко второй половине 17 века.
В западной части храма, под эмпорой с органом, на левой стороне - капелла св. Антонина Падуанского, отделенная декоративной позднеренессансной кованой решеткой, относящейся к половине 17 века. Капелла была построена уже в 1655 году, когда был освящен алтарь. Все предметы, находящиеся в капелле в настоящее время, относятся к более позднему периоду. Изображение святого на алтаре работа художника Томашека. Картина была написана до половины 18 века. К тому же времени относится лепнина сводов и плафонная фреска кисти Карла Коваржа. На сильно потемневшей фреске изображены св. Антонин Падуанский и св. Ян Непомуцкий. В нишах за алтарем находятся скульптуры двух святых более позднего происхождения: налево св. Анежка Чешская – направо св. Терезия из Лизье. Внутри капеллы с левой стороны стоит позднеготический оловянный сосуд для крещения, датируемый 1459 гоом. Крышка, относящаяся к 16 веку, украшена рельефами с изображением апостолов. На настоящее место был перенесен из староместской церкви Девы Марии на Луже после ее закрытия.
На эмпоре помещается орган, первоначально находившийся на правом боковом хоре церкви св. Микулаша на Малой Стране. Орган составил в 1747 году иезуит Томаш Шварц. Тогда же возникла заслуживающая внимания позднебарочная передняя часть органного шкафа. Сам инструмент был отремонтирован и дополнен в 1832 году Йозефом Гартнером и одновременно перенесен на настоящее место.