После прихода францисканцев в 1604 году
Когда в 1603 году, во время своего путешествия по Центральной Европе, генеральный министр ордена францисканцев Франциско де Соуса (Francisco de Sousa) посетил Прагу и увидел разграбленный ареал Девы Марии Снежной, вероятно, припомнивший ему римский Колизей, он обратился к импертору Рудольфу II с просьбой передать ареал ордену с целью основания монастыря. Рудольф согласился, что подтвердил документом, датированным 1606 годои.
Время религиозных волнений перед Белой горой было и для монастыря тяжелым неустойчивым периодом. Многолетнее напряжние достигло своего апогея в феврале 1611 года. Во время осады Праги имперско-баварскими войсками произошло нападение на церковь и монастырь (15 февраля 1611), при котором было убито четырнадцать монахов, а монастырь разграблен. С того времени в монастыре этим монахам поклоняются как мученикам, а их смерть была изображена на целом ряде гравюр и картин.
Церковь и монастырь были освящены 4 мая 1625 года архиепископом Гаррахом. После окончания Тридцатилетней войны начался период восстановления и расцвета.
В 1651 году в церкви было докончено строительство главного алтаря с гербом его донатора Яна Старшего из Талмберга. Это был самый большой и самый высокий алтарь не только в Праге, но, возможно, и во всей габсбургской империи того времени. В 1650-1654 годах на юго-восточной стороне церкви были построены новые монастырские крылья, окружающие второй монастырский двор. Таким образом монастырские здания приобрели в основном современный вид.
Позднее вырастали отдельные постройки. В 1656 году - пекарня, кладовая и швейная мастерская. В 1658 году монастырская аптека, а в 1676 году на внутреннем дворе монастыря была построена больница. Для нужд монастыря был построен небольшой пивоваренный завод с солодильней.
Во второй половине 17 века западнее от церкви образовался современный внутренний двор, окруженный южной капеллой Четырнадцати святых помощников и Девы Марии Пасовской и северной капеллой святого Яна Непомуцкого, освященной в 18 веке. Внутренний двор образовал своего рода клуатр, в центре которого в 1698 году была построена раннебарочная капелла Девы Марии Королевы, называемая «Порцинкульская», как и ее образец в Ассизи.
После 1627 года при монастыре для монастырских монахов была открыта школа, где они могли получить философское или теологическое образование. Ее высокий уровень был достигнут благодаря ирландским францисканцам, основавшим в Праге в 1629 году университет Непорочного зачатия Девы Марии (сейчас дом «У Гибернов»). В 1664 году решением генерального капитула учебный центр был повышен на уровень высшей ступени международного значения. Для нужд этого центра над бывшей капеллой св. Яна Непомуцкого . была построена библиотека. В течение 70 и 80 годов 17 века монастырская школа приобрела европейскую известность. В период до второй половины 17 века монастырь достиг наивысшего расцвета. Тогда количество монахов в чешской францисканской провинции превысило тысячу человек, что повлекло за собой расширение монастырей.