The 16th Century
В Страстную пятницу 1542 года ветер сорвал с церкви часть крыши. Во время волнений 1543 года кармелиты ушли из Праги, а потом возвращались лишь спорадически. Таким образом церковь и монастырь продолжали ветшать. В довершение всех бед в 1566 году обвалилась крыша, а также своды пресбитерия недоконченной церкви. После этого монастырь продолжал существовать только по названию. Фактическая жизнь в нем прекратилась. От всего, что было построено до 1419 года, опять остались одни развалины, превратившиеся в свалку и прибежище деклассированных. На изданной в 1606 году гравюре Саделера мы видим остатки церкви без фасада и сводов только с тремя окружными стенами.
В 16 веке в окрестностях монастыря, главным образом на месте современного Францисканского сада, поселились колокольные мастера. Наиболее известной была семья пражских колокольных мастеров Брикци. Мастер Брикци вложил собственные средства в обновление ветшающего монастыря.