El altar mayor
El altar mayor fue realizado en el 1651, es la pieza más alta y extensa del barroco temprano en Praga, probablemente es obra del grupo de J. A. Heidelberg. Este monumental altar con tres niveles llega casi al techo, está realizado en fondo negro recubierto con rica decoración en láminas de oro y abundantes estatuas. En la arquivolta sobre el cuadro principal del altar mayor se pueden observar el escudo del benefactor de la iglesia, Juan el Viejo de Talmberk, bordeado de dos angelitos.
Las estatuas dominantes a los lados del cuadro central son: san Juan Bautista, san Pedro, san Pablo y san Francisco. En la fila superior podemos contemplar las estatuas de santa Clara, santa Isabel, santa Bárbara y santa Catalina, y en la parte superior, al centro está la estatua de san Miguel Arcángel, a cuyos lados están las estatuas de san Wenceslao y san Adalberto. El retablo se concluye con la crucifrxión.
El tema del cuadro central es la fundación de la basílica de Santa María la Mayor. Representa el milagro sucedió en Roma durante el tiempo del Papa Liberio que según la leyenda, el 5 de agosto del 352 siguiendo las indicaciones de una revelación de la Virgen se dirigió en procesión hacia el monte Esquilin, que en el periodo de más intenso calor apareció nevado como señal del lugar en donde se debía construir un templo, es decir la actual basílica Santa María la Mayor. En el cuadro están también representados el donador de la obra Juan el Viejo de Talmberk y su esposa que están arrodillados en la parte inferior izquierda del cuadro.
En el cuadro superior se representa la "Visión de san Francisco" en la Porciúncula, fue donado al templo en el ano 1646 por el alcalde mayor de la ciudad de Praga Nicolás Francisco Turek de Rozenthal. Este cuadro es de baja calidad artística. Ori-ginalmente y con el mismo motivo aquí había otro cua-tro que actualmente pode¬mos contemplar en la pared sur, al lado de la tribuna del órgano.