El levantamiento Husita y los siglos XV y XIV
El presbiterio debería prolongarse con una construcción de tres naves, es decir que la iglesia debería tener una longitud de 110 metros. Solo la pared exterior de la nave norte fue terminada. Probablemente en el año 1405 fue levantada la "torre alta y bella" en la parte norte en dirección de la Ciudad Vieja, en la cualfue colocada una gran campana llamada "Carlos" o "incansable". En el lado sur se dio inicio a la construcción de otra torre paralela, pero pronto se abandono el proyecto.
Poco tiempo después inicio el levantamiento Husita. Desde el 1412 el convento fue meta de ataques y destrucciones. Uno de los más famosos cabecillas husitas, Jerónimo de Praga, fue protagonista de diferentes ataques a esta iglesia. Se narra que: "En el convento de Nuestra Señora de las Nieves arranco un relieve del altar, lo arrojo entre el fango y lo pisoteo". Las revueltas se repitieron de nuevo en el afio 1415. El 25 de febrero del 1419 el rey Wenceslao IV permitió que la iglesia de Nuestra Señora de las Nieves y otras dos iglesias más, situadas en los confines entrela iudad Nueva y la Ciudad Vieja (san Ambrosio y san Benito), se pudieran usar para la celebración litúrgica husita, para la predicación, para el canto litúrgico en lengua checa y para recibir la comunión bajo las dos especies. La iglesia de san Benito fue pronto restituida a los católicos, por lo que la iglesia de Nuestra Señora de las Nieves se convirtió en el centro del movimiento más radical husita y donde puso su cuartel general el revolucionario predicador Juan Želivský.
En el ano 1434 estalló una guerra civil entre la Ciudad Vieja y la Ciudad Nueva, con la victoria de la Ciudad Vieja. Durante la batalla tuvo un papel importante la torre llamada "alta y bella" ya que era lugar estratégico para vigilar los ataques que venían de la Ciudad Vieja y para avisar a los ciudadanos de los ataques. Por esto la torre se convirtió en uno de los objetivos del enemigo, hasta que consiguieron quitar la campana y derribar la torre.
Los frailes carmelitas pudieron volver al convento en el año 1435, y reconstruyeron de nuevo la iglesia. En septiembre del 1483, durante el reinado de Ladislao II, estallaron nuevas revueltas, por lo que losfrailes tuvieron que huir, y el convento fue prácticamente saqueado. Volvieron en el 1496, pero la inestabilidad política no permitió seguir con los trabajos de reconstrucción. El Viernes Santo del 1542 unfuerte viento derribo parte del techo de la iglesia. Poco tiempo despues siguieron nuevas revueltas, por lo que los frailes abandonaron definitivamente el convento, convir-tiéndose poco a poco en ruinas.