Desde la reforma Josefina hasta nuestros días
Las reformas llevadas a cabo por el emperador José II, a finales del s. XVIII, supusieron un cambio importante para la vida de los Franciscanos. El convento no fue suprimido pero los frailes no podían aceptar novicios y sus actividades fueron reducidas. La iglesia se convirtió en parroquia, administrada por párrocos diocesanos. Este estado jurídico duró hasta el ano 1932.
Durante los afios 1790 - 92, en la parte anterior del edificio, sobre las capillas dedicadas a santa Eduviges y san Bricio fue levantado un piso en estilo clasicista para ser usado como casa parroquial, y en el ano 1847 se elevo este edificio con un segundo piso. En el 1835 se pudo reabrir el noviciado y según las noticias del tiempo había en el convento unos 50 frailes.
Alrededor del 1900 en la fachada se coloco un mosaico, obra de Victor Foerster. El mosaico reproduce el famoso icono de la Virgen María en la advocación de Salus populi romani (salud del pueblo romano), es decir una de las imágenes marianas más famosas de Roma y conservada en la basílica de Santa María la Mayor.
Con la llegada al poder de los comunistas en enero del 1948, inicio para todas las congregaciones religiosas uno de los periodos más difíciles. Durante la noche del 13 al 14 de abril de 1950, todos los conventos fueron violetamente suprimidos, algunos frailes fueron encarcelados y el resto de los religiosas internados en campos de trabajo.
En este periodo la iglesia se siguió usando para el culto litúrgico, pero con párrocos fieles al régimen comunista. El edifico del convento fue utilizado por el Ministerio del Interior. Una parte del edificio fue usado como cuartel y el refectorio lo usaba la banda militar para sus ensayos.
Con la caída del régimen comunista en noviembre del 1989 el convento fue restituido a los Franciscanos. En esta nueva situación política se ha podido desarrollar de nuevo la vida en el convento. Los edificios del convento que por largos afios fueron usados para otros fines han necesitados profundas reparaciones. La iglesia también fue perjudicada por las obras de construcción del metro.