L’arrivo dei francescani nell’anno 1604
Quando nell'anno 1603, durante il suo viaggio nella Europa centrale, il ministro generale dei Francescani, Francesco de Sousa vide a Praga l'areale di Santa Maria della Neve devastato, probabilmente gli ricordó i resti del Colosseo romano, chiese all'imperatore Rodolfo II di ottenerlo per l’erezione di un convento. Rodolfo fu d’accordo e confermó questa decisione con un documento nell'anno 1606.
Il tempo della guerra di religione presso la Montagna Bianca fu naturalmente anche per il convento un tempo di difficoltá, pieno di incertezze. Si arrivó al culmine dell’annosa tensione nel febbraio del 1611. Con la decadenza del governo di Rodolfo II, durante l'assedio di Praga da parte dell’esercito armato, la situazione divenne critica fino a determinare anche la caduta della Chiesa e del convento, durante la quale furono crudelmente uccisi 14 frati e il convento depredato. Il martirio dei 14 frati del 15 febbraio 161l è uno degli eventi piú noti della storia del convento. I frati uccisi, da quel tempo, furono onorati nel convento come martiri e la loro morte fu rappresentata in una serie di incisioni e quadri. Il 4 maggio 1625, dopo la ricostruzione, ancora in stile rinascimentale, la chiesa e il convento furono consacrati dall'arcivescovo Harrach. Gli edifici propri del convento in questo tempo conservarono il loro stile gotico. Alla fine della guerra dei trent’anni i lavori ebbero un nuovo impulso e la chiesa e il convento rifioriono in un rifacimento in stile primo barocco.
Nel 1651 fu terminato l'altare maggiore, che porta lo stemma del suo donatore Giovanni il vecchio di Talmberk, non solo è il piú grande e il piú alto altare in Praga, ma è descritto con questi attributi anche in tutto l'impero. Negli anni 1650-1654 si costrui nella parte sud est della chiesa una nuova ala del convento, circondata da un secondo chiostro e cosi fu terminata l'attuale configurazione degli edifici conventuali.
Nella parte occidentale della chiesa, in quelle che originariamente dovevano essere le tre navate, sorse nella seconda metá del XVII secolo l'attuale cortile, recintato da una parte a sud della cappella, dedicata ai 14 santi protettori e alla Vergine Maria di Pasau; nella parte nord da un’altra cappella, dedicata nel XVIII secolo a S. Giovanni Nepomuceno. Il cortile prese forma di chiostro, al cui centro nel 1690 fu costruita una cappella in stile primo barocco dedicata alla Vergine Maria Regina, denominata Porziuncola, che era nello stesso tempo una cappella mortuaria dei suoi fondatori. Durante le ultime riparazioni del cortile furono scoperti i resti di questa cappella.
Durante questo periodo di fioritura della provincia francescana il numero dei frati raggiunse i mille membri, cosicché fu necessario ingrandire il convento.