Doba Rudolfa II. a vpád Pasovských do Prahy

Ke konci své vlády povolal císař Rudolf II. do Čech vojsko svého příbuzného Leopolda Pasovského. Vpád žoldnéřů měl posílit postavení Rudolfa II. a zároveň pozici katolíků v Praze a v Čechách. V převážně protestantské Praze ale vyvolal odpor a pobouření, na což nejvíce doplatil klášter Panny Marie Sněžné, kde bylo celé přítomné osazenstvo vybito a klášter vypleněn. Pro Rudolfa II. tento konflikt znamenal konec jeho vlády a definitivní pád.

Rudolf II. Habsburský (1552 – 1612) byl římský císař, král český, uherský a chorvatský. Ujal se vlády po smrti svého otce Maxmilián II. v roce 1576. V Praze ustavil sbor deseti místodržících složený z nejvyšších zemských úředníků, a zpočátku se stejně jako jeho otec se usídlil ve Vídni. Postupně se zhoršil vztah s jeho bratrem Matyášem, který se stal guvernérem svobodného Nizozemí. Spory se členy rodiny byly také jedním z důvodů, proč se roku 1583 rozhodl přesídlit do Prahy.

Zdravotní stav císaře nebyl dobrý, od konce 16. století se u něj projevovaly příznaky duševní choroby, k depresím se navíc začaly přidávat projevy syfilis. Císař do politiky příliš nezasahoval. Věnoval se hlavně kultuře a umění. Začal s úpravou Pražského hradu, podporoval matematiku, astronomii, astrologii, malířství a sochařství. V Praze v jeho době působili například slavní astronomové Tycho de Brahe a Johannes Kepler nebo sochař Adrian de Vriese.

Rudolf II. se nikdy neoženil a neměl žádného legitimního potomka. Splodil však několik levobočků se svojí milenkou hraběnkou Kateřinou Stradovou. Císařovi příbuzní Habsburkové se roku 1606 vyslovili pro nástupnictví Rudolfova bratra Matyáše. Na Matyášovu stranu se postupně přidávaly rakouské, uherské i moravské stavy a vojevůdci.

Matyáš sestavil vojsko, se kterým táhl na Prahu. Rudolf nakonec s Matyášem uzavřel roku 1608 Libeňský mír, kterým se vláda v monarchii rozdělila. Matyáš získal Moravu, Rakousko a Uhry, zatímco Rudolfovi zůstaly Čechy, Slezsko a Horní a Dolní Lužice. Z nastalé situace se snažily vytěžit také české stavy, které požadovaly uzákonění České konfese zaručující svobodu vyznání, proti čemuž se však postavila zejména katolická šlechta a katoličtí církevní hodnostáři. Nepokoje v Praze nakonec pohnuly Rudolfa k tomu, aby vydal 9. července 1609 Majestát, kterým povolil pro pány, šlechtice a měšťany svobodu vyznání.

Rudolf se nicméně se stávajícím stavem nesmířil a snažil se Matyášovi pomstít, v čemž ho vydatně podporoval katolický Leopold Pasovský, který nakonec roku 1611 za Rudolfova souhlasu vtrhl do Čech, což vyděsilo dokonce i české katolíky a papežského nuncia. Probíhalo drancování pražských objektů bez rozdílu vyznání jejich majitelů, avšak Pasovským se nepodařilo překročit Vltavu a obsadit Staré ani Nové Město. Nedostatek peněz však nakonec Leopolda Pasovského donutil se stáhnout, Rudolf II. abdikoval a v Praze byl uvítán jako nový vládce Matyáš, který byl 23. května 1611 korunován českým králem.

Rudolfovi byl pak do jeho smrti 20. ledna 1612 přenechán v užívání Pražský hrad.